L'església va ser iniciada cap a l'any 1746. L'any 1753, degut a falta de cabals, els administradors de la fàbrica de la nova església decidiren que els habitants de Masricart també havien de contribuir en les despeses i feren una enquesta per a demostrar que els masricardencs eren feligresos de la Canonja. Aquests últims, per contra, intentaren obligar els canongins a contribuir en les despeses de reconstrucció de la seva pròpia església, fonamentant-se en la seva antiga preeminència. La qüestió fou portada a la Cúria Eclesiàstica de Tarragona, que dictà sentència a finals de 1756 favorable als interessos de Masricart. Els canongins s'oposaren a la sentència, fins que l'any 1760 aconseguiren de ser absolts de les seves obligacions a Masricart. Mentrestant, a finals de 1757, el vicari general concedia la llicència per a beneir la nova església de La Canonja i transportar-hi el sagrament des de la vella. El 28 de novembre d'aquells any es beneí solemnement l'església. Les obres havien durat, doncs, 11 anys.

L'església ha continuat oberta al culte amb molt poques interrupcions. L'any 1873, durant la tercera carlinada, fou ocupada pels liberals, que hi feren algunes obres de fortificació. El juliol de l'any 1936 desapareixeria el retaule de l'altar major i es cremaven, al replà, una bona part de les imatges i fustam i l'església es convertia en garatge dels cotxes i camions confiscats pel comitè antifeixista. Immediatament després de la contesa civil es realitzaven algunes obres de reparació i també es col·locava el paviment actual. El 1958, el rector Lluís Saragossa projectà una remodelació de l'altar major, que encarregà a l'artista Josep Grau Garriga. No es pogué portar a terme degut a l'oposició dels feligresos. Però a començaments dels anys seixanta, el mateix rector col·locava els vitralls que decoren les finestres de l'església, obra de Francesc Fornells Pla.

Durant l’any passat (1997) es procedí a la rehabilitació de la façana principal i del campanar, que es trobaven en un estat certament deplorable i fins i tot perillós. Havien passat 241 anys des que l’esglèsia fou beneïda, i 158 des que s’havia acabat el campanar. Un campanar, el canongí, que sempre havia estat una fita identificativa del poble. Amb les obres que s’hi han fet, gràcies a la col·laboració de la majoria, la comunitat canongina sempre expressa i referma, d’una manera simbòlica, aquella intenció inicial de transcendir el futur.”

Font: Josep Llop Tous, Calendari del Centre d'Estudis Canongins 1999 (extracte)